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自「山波号」惊人的沉浚消息曝光后，为「海蝠蝠」事件掀开了序幕。日本自南队海军准将海江田四郎，带领着七十名精鈛的海军官兵以一艘前所未有的高科技核子动力潜艇，配备了足以毁减世界的核子武器，为了重整全球的武力以及稚持世界，引发一场动地警天的深海大职。
只要你一发动鱼雷，一场惊天动地的现代化科技之战马上展开！轰动全世界的叛逃潜舰「沉默的舰队」终于班上屏幕了，看漫画是否不够刺激呢？这次将由你来指挥「大和号」来突破美军舰队的重重包围，你是否能够渡过难关亦或是壮烈成仁，这都全要靠你的操舰技术了。
游戏中可让你选择是否要按照原著进行游戏。