《太阁立志传》二代在一代的基础上对游戏的各个特色进行了完善，使得这款游戏成为一个真正的经典之作。
首先在画面和音乐上，二代比起一代有着明显的进步，尤其在音乐上，二代的音乐十分动听。除此之外，游戏的世界和舞台更加庞大。由于一代的地图仅限于半个日本，使得游戏的进程略显快了些，而二代的地图比一代几乎大一倍，包括 200 座城池和 49 个村落，玩家可以攻略几乎整个日本。
二代的故事情节仍然和一代相同，不过与一代相比增加了很多新的人物，同时人物角色参数的设置更加详细而且合理，人物的各项能力不再是自动提升，而是要通过到相应的场所学习才可提升相应的能力，玩家在成为部将后即可招收部下，并可带部下一同修行，这些都增加了游戏的耐玩性。
二代的自由度比起一代有了更大的提高：玩家在游戏进行过程中甚至可以脱离织田家为其他大名效力；当玩家用秀吉通关一次后，还可以扮演柴田胜家、明智光秀以及新武将，通过不同的角度看待相同的历史事件；游戏中共有13个历史事件，包括了墨俣筑城、金崎殿后、安土筑城、本能寺之变以及长篠合战等影响秀吉命运的全部历史事件，每个事件的触发都需要一定的条件。