在森林里传说有个女巫，大家都去找她，结果发生了无数恐怖的事情。而这个女巫是从何而来呢？一个受伤的人进入森林，在他面前出现的是段过去发生的幻象…… 1863年10月24日，战争的恐怖笼罩着即使是这个偏远的角落。我被指派带领一小队士兵进入马里兰中央的森林中去追踪一支刚刚抢劫过小村庄的叛军……半个世纪以来，邪恶的力量一直潜伏在围绕伯凯茨畏沃的黑山里。马里兰依然在沉睡着，在这里，人们仅存的意识就是他们黑暗过去的传说。现在，那个噩梦又回来了。一个小女孩突然不见了，而负责搜索求援的小组也消失了，没有留下一丝痕迹。害怕的恐惧再一次笼罩着伯凯茨畏沃的人们，这座森林的传说再度流传起来。
《布莱尔女巫卷二：石棺传奇》围绕着石棺展开，游戏开始时，你扮演的角色在树林里被一个叫罗宾的小女孩唤醒，穿着南北战争时的衣服，伤口腐烂，更糟糕的是你已经记不得自己是谁了。罗宾看出你很虚弱，于是送你去她祖母的农场养伤。在去农场的途中，你又昏迷了几乎整整一个星期，醒来以后发现罗宾失踪了，罗宾的祖母为你起了个名字叫拉扎勒斯（也用来称呼麻风病患者），然后送你踏上寻找罗宾的冒险之旅。
和一代相同，《布莱尔女巫卷二：石棺传奇》仍然采用了《夜曲》（Nocturne）的游戏引擎——其实从开发公司宣布同时开发游戏的三部曲就可以猜到，这三个系列游戏会运用资源共享的模式，比如采用相同的游戏引擎和物理系统。游戏风格类似《生化危机》（Resident Evil），场景是事先设计好的静态画面，包括玩家在内的物体则是独立的3D模型，系统会智能地将视角调整到最佳状态。战斗冲突和谜题会引导你走向两个结局：找出罗宾失踪的真相或者是找出自己失忆的真相。如果你选择的游戏发展方向是第二个结局的话，一系列精彩的闪回镜头将渐渐地勾勒出你的本来面目。这些闪回画面是完全互动的，当你遇到一些事件时就会出现某些记忆闪回，于是就会回忆起一些往事，帮助你回忆自我。拉扎勒斯显然是一名老兵，因此他的记忆片断中不可避免地会出现许多和战友们一起战斗生活的场面，于是会发生一些不可思议的事。例如游戏中有一个场景是拉扎勒斯死去战友的幽灵来到了他们的营火会，并且谋杀了一名幸存的战友，看来生前的友情在死后不会延续下去。