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作为式神系列的延续，《式神之城 3》是一款标准的垂直滚动科幻射击游戏，具有十个不同的角色，每个角色都有自己的特殊武器和能力。
游戏中有五个不同的关卡，每个关卡分为两个章节，都有标准的巨大、野性的 Boss 需要消灭。玩家还可以选择在单人游戏中切换飞行中的飞机，也可以与朋友合作玩。游戏中有 55 种可能的故事元素和一个紧张奖励系统，玩家可以通过接近敌人并躲避敌人的火力来让自己陷入危险，游戏还具有画廊模式。
《式神之城3》的核心玩法围绕射击和角色扮演元素展开。玩家通过操作不同的角色，使用各种攻击方式对抗敌人。游戏包含多种操作按键，如 A 键用于射击和式神攻击，B 键用于特殊攻击，而 A+B 键则用于开启激昂状态。游戏设有 LIFE 和 BOMB 系统，玩家在受到伤害或使用特殊攻击时会消耗这些资源。金币系统允许玩家通过击杀敌人获得金币，而 TBS 系统则根据玩家与敌人子弹的距离提供额外的倍率奖励。激昂状态为玩家提供短暂的无敌和金币奖励加成。游戏还包括 BOSS 战和评价系统，以及一系列的角色和敌方 BOSS，每个角色都有其独特的配音演员。