明朝中叶，朝野一片混乱，此时人心思变，武学也大为兴盛。来自东洋的神秘忍者教派──伊贺派与长年作乱的异域邪教──神龙教不明原因的入侵中原，造成中原武林恐慌，少林、武当、峨嵋那些百年老教派不但不团结抵御外侮，还因为各自之间的不信任造成的野心倾轧，让整体形势更加的糟糕。各派以割据地盘、巩固势力为要务，弄得民不聊生、叫苦连天，中原这块沃土人人皆想分一杯羹，就看谁的手段最高、计谋最巧！
“武林盟主”的游戏画面风格，是采用日式风格的 3D 可爱人物，以卡通片头的形式，点出各派之特色，还会漂亮的秀出各派之独特武功。游戏的操作十分简单，一只鼠标与几个指令就可以走遍天下，首先，玩家必须在五个教派中选一个担任其掌门人，开山立派，训练亲卫兵并研发更高深的武学，最终目的是一统江湖，成为唯我独尊的武林盟主。游戏分为三个武林时期：逐鹿中原、神龙入侵、武林盟主，任一段时间进入皆有不同的玩法，十分多变。游戏是以时间经过的方式存钱，用金钱来建造各种功能建筑，进而用计谋中的流言、潜入、破坏、离间来对付其它教派，或者用外交的手腕，如：进贡、结盟、断交、连合出师的方式来制衡各教派间长期的心结，或者干脆出师攻打玩家看不顺眼的教派。其它四位对手也会对你采取同样的手段，聪明的他们会用计联合大军攻打你，也会趁机占据你的领地，有仇报仇，玩者可得万分小心。
玩家除了必须建造各种练功房（有刃拳镖阵玄五种）及英雄馆、军营、练丹房等，还可以研发剑法、拳法、暗器、阵法、密法、绝学、建筑、丹药等项目，这些项目的完成虽然皆需要一段时间，可是一但研发成功后，将可提升各种能力，于战场上将可使我方发挥以不同武器攻击、使用玄术攻击、医疗我方队员等能力。
“武林盟主”采用了C&C之实时战斗系统，让玩家享受百人大作战那种打群架的感觉，之前在大本营中研发的结果将表现于战场之上，研发速度越快的一方，武力越强，以少搏多是不成问题的。一但指令下达，我派与友军就实时展开各项的对战，射飞镖、施玄术，不杀到胜负分出决不休止，大场面的战斗让人玩来十分过瘾，战斗过程还依各派之风格搭配语音与音效，例如：听到"阿弥陀佛，善哉善哉"时，就会知道是少林弟子出动了。